蛇屬於陸棲脊椎動物，內部結構比較完善。這裡只介紹與人工養殖有關的消化系統和生殖系統兩個部分。
（一）消化系統
蛇類具有完整的消化道和消化腺。
消化道由口、食管、胃、十二指腸、小腸、直腸組成。口內有牙齒著生，牙一般呈錐狀，且略向內彎曲。有些蛇上頜緣少數牙較長，多為毒牙，具有毒牙的蛇叫毒蛇。毒牙通過毒腺管和毒腺相通（圖2_7）。毒腺是唾液腺變態而成，蛇張口咬物時，毒腺周圍的肌肉緊張收縮，毒液便沿著導管進入毒牙內，再經毒牙的溝或管輸人被咬對象的傷口內。蛇舌為肌肉質，前端分叉，舌上無味蕾，所以無味覺作用。舌經常由上頜前方中央的缺口向外伸出，由於其上佈滿黏液，周圍環境中的“氣味”化學分子便吸附其上，然後送人口腔頂部的“犁鼻器”中，由此而產生嗅覺。
蛇的食管較長，其下端膨大為胃。胃呈長管狀，與食管無明顯的界限。胃後為一段彎曲的十二指腸，胰膽均有管開口其內。緊接著為盤繞的小腸，小腸的功能和其他動物一樣，消化食物，吸收養料。消化不了的殘渣，進人直腸通過泄殖腔排出體外。蛇類的大腸和泄殖腔均有重新吸收水分的功能，以减少水分的散失。
消化腺包括肝臟和胰腺，肝臟呈長條形，位於胃的一側，肝臟是蛇體內的消毒器官，同時分泌膽汁，儲存於膽囊內。膽囊緊靠著肝臟，它借膽管與肝臟相連，胰臟位於膽囊之後，它們分別經膽管和胰液管開口於十二指腸內。膽汁和胰液能和消化道分泌的各種酶一起，消化食物。
（二）生殖系統
蛇是雌雄異體動物。除少數種類的色斑兩性有异之外，一般從外形上不易區分。鑒別雌雄的簡單方法是比較尾部的粗細和長短。雄蛇尾基部較粗（靠近肛孔）而尾略長；雌蛇尾基部突然變細而尾短。蛇類是雌雄異體的羊膜動物。
雄蛇有睾丸一對，位於腹腔稍後，為淡色卵圓形器官。靠近睾丸內側有一附睾，為儲存和排送精子的器官。盤曲的輸精管最後通入泄殖腔。交接器一對，呈囊狀，稱為半陰莖，平時並排藏於泄殖蛇的泄殖系統腔內，交接器由泄殖腔的壁特化而成，類似兩個口袋，平時倒向體內，在其壁上分佈有豐富的血管。在交配前，由於性刺激，囊壁上的血管迅速充血，交配器立即從裏翻轉突出泄殖腔外，形成頂端略為分叉而整個呈圓柱狀的交配器，在其上有一條縱向溝，這條縱溝能臨時閉合成細長筦道，在交配時，雄蛇把交配器插入雌蛇體內，將精子送入到雌蛇的泄殖腔內，使成熟的卵受精。雄性雖然有兩個交配器，但每次只有一個交配器突出泄殖腔外.兩個交配器輪流使用。
雌蛇有卵巢一對，其位置與雄蛇的睾丸相當。成對的輸卵管，其前擴張為喇叭口，後端分別通人泄殖腔。卵子成熟後，經喇叭口而掉入輸卵管內，此處若遇到精子，則在輸卵管內受精，成為受精卵。受精卵通過泄殖腔排出體外。
大多數蛇為卵生，即受精卵排出體外，在外界孵化出幼蛇。少數蛇為卵胎生，如蝮蛇類，其受精卵不排出體外，而在輸卵管末端的膨大部分即子宮內孵化。胚胎發育所需營養物質由卵供給，與母體無關，幼蛇孵化出後，從泄殖腔產出。